Luigi nacque nel castello di Castiglione delle Stiviere, tra Brescia e Mantova, il 9 marzo 1568 dal marchese don Ferrante Gonzaga e dalla contessa donna Marta Tana di Santena, due giovani sposi tornati da poco dalla corte di Madrid, dove ambedue erano stati al servizio del re Filippo Il e della regina Elisabetta. Luigi rinunzia al marchesato in favore del fratello Rodolfo e il 25 novembre 1585 entra nel noviziato dei gesuiti a Roma. Quando a Roma scoppia un’epidemia di peste ottiene di servire gli infermi nell’ospedale di San Sisto. Un giorno, mentre vi si reca, vede abbandonato sulla strada un ammalato in fin di vita. Se lo carica sulle spalle e lo porta all’ospedale. È un appestato e Luigi ne contrae il morbo che in pochi mesi lo conduce alla morte. È il 21 giugno 1591 e Luigi aveva appena 23 anni.